Образован 17 мая 1935 года и включавшим Республику Бурятия, Читинскую область и Якутию. В Чите находился штаб округа. Он был окончательно расформирован 1 декабря 1998 года путем объединения с Сибирским военным округом(ВО), хотя Чита оставалась штаб-квартирой нового объединенного округа. ЗабВО был образован в ответ на японское вторжение в Китай и военную эскалацию в регионе. Армии и корпуса округа приняли участие в битве на Халхин-Голе под командованием генерала Георгия Жукова. В июне 1940 года в округе была сформирована 16-я Армия, которая затем была переброшена на запад. 22 июня 1941 года в состав округа входили 17-я Армия, Командования ВВС и ПВО округа, 12-й стрелковый корпус (65-я и 94-я стрелковые дивизии), 93-я стрелковая дивизия, Забайкальский укрепленный район, два полка орудийной артиллерии, гаубичный артиллерийский полк и более мелкие подразделения. Забайкальский ВО стал Забайкальским фронтом; фронт был сформирован 15 сентября 1941 года с целью предотвращения возможного нападения японской Квантунской армии. Вопреки общей тенденции расформирования советских танковых дивизий в первые несколько месяцев немецкого вторжения во время Второй мировой войны из-за тяжелых потерь в 1941 году в районе действовали 57-я и 61-я танковые дивизии.
В 1998 году Забайкальский ВО был объединен с Сибирским ВО в соответствии с Указом Президента № 900 от 27.07.1998 года и приказом Министерства обороны Российской Федерации № 048 от 11 августа 1998 года. Новый состав Сибирского ВО фактически начал действовать 1 декабря 1998 года.