В 1945 г. принимала участие в войне с Японией, находясь в оперативном подчинении 2-го Дальневосточного фронта — в Маньчжурской наступательной операции 9-20.08.1945 г. Амурская флотилия обеспечивала продвижение советских войск вдоль Амура и Сунгари, высаживала десанты в тыл японским войскам, участвовала в занятии маньчжурских городов Сахалян, Айгунь, Фуцзинь, Цзямусы и Харбин, обстреливала японские укрепленные сектора, захватила в Харбине корабли Сунгарийской речной флотилии Даманьчжоу-Диго.