Сформирован в ноябре 1941 года в городе Фергана в составе 18 самолетов У-2 и 93 человек лётно-технического персонала. Летно-технический персонал состоял из призванных из запаса, инструкторов авиашкол и аэроклубов. Командиром полка назначен майор Н.Н.Гацко, комиссаром полка – батальонный комиссар А.Н.Шипунов. В декабре 1941 года - январе 1942 года полк находился в резерве Ставки ВГК. С 15 января 1942 года полк действовал на Северо-Западном фронте. Полк базировался на аэродроме Колпачки, аэродром подскока – Долгие Нивы. 1-я АЭ полка выполняла поиск сбитых самолетов, разведку, вылеты на связь. С 22 января 1942 года полк действовал на Калининском фронте в составе 7-й смешанной авиационной дивизии. Экипажи полка выполняли бомбардировку войск противника в населенных пунктах Демянск, Вотолино, Молвотицы, Соколово. На вооружении имел самолеты У-2. Действовал в конце февраля 1942 года в составе ВВС 3-й УА Калининского фронта. 10 мая 1942 года 663-й легкий бомбардировочный авиаполк был расформирован. Личный состав и техника на основании Приказа НКО №0083 от 5 мая 1942 г. были направлены на формирование 882-го отдельного смешанного авиаполка 22-й Армии Калининского фронта.